Pour la première fois dans l’histoire du Burundi, une Cour constitutionnelle dans sa forme actuelle fût créée par la constitution du 13 mars 1992.  Dès que l’Afrique s’est engagée dans la recherche des voies adaptées à ses réalités pour asseoir une construction constitutionnelle originale par la création des Cours constitutionnelles, le Bénin, le Gabon, le Mali, le Burundi, le Madagascar et le Togo  en sont les précurseurs

Le Burundi se situe dans le prolongement du modèle concentré de justice constitutionnelle tel qu’il fut adopté en 1992, lors de la création de la première Cour constitutionnelle, dans le cadre de la démocratisation des institutions et de la vie politique au Burundi. Avant cette date, les constitutions antérieures à partir de celle du 16 octobre 1962, confiaient  le contrôle de constitutionnalité  à  la chambre constitutionnelle de la Cour suprême.

La Cour constitutionnelle du Burundi est régie actuellement par les articles 231 à 238 de la constitution du 7 juin 2018. En outre  son organisation et son fonctionnement sont régis par la loi organique n° 1/20 du 3 août 2019 portant organisation et fonctionnement de la Cour constitutionnelle et la procédure applicable devant elle ainsi que le Règlement intérieur de la Cour constitutionnelle du 31 août 2020.